APEKSI memiliki beberapa Kelompok Kerja (Pokja) untuk fokus pada isu-isu strategis perkotaan.
- Pokja Perubahan Iklim: Pokja ini berfokus pada isu-isu lingkungan, keberlanjutan, mitigasi, dan adaptasi terhadap dampak perubahan iklim di tingkat kota.
- Pokja Menuju Kota Inklusif: Pokja ini bertujuan untuk memastikan kesetaraan, aksesibilitas, dan partisipasi penuh bagi semua warga kota, terutama penyandang disabilitas.
- Pokja Ekonomi dan Keuangan: Pokja ini fokus pada penguatan kemandirian fiskal dan pertumbuhan ekonomi daerah di kota-kota anggota APEKSI.
- Pokja Kebudayaan: Pokja ini fokus pada penguatan kebudayaan kota dan wadah kolaboratif yang tugas utamanya adalah merencanakan, mengimplementasikan, dan mengkoordinasikan upaya-upaya untuk pengembangan, pelestarian, dan pemanfaatan kebudayaan dalam lingkupnya masing-masing.
